Programme d'EEQ 2018

En se rapprochant de la pratique courante avec l'utilisation de matériel fixé en paraffine, l'objectif est aussi d'évaluer toutes les étapes des examens de génétique moléculaire impliquant l'organisation de la plateforme entre les activités de pathologie et de génétique moléculaire. Le groupement des organisateurs du contrôle qualité tient compte des trois axes de ce contrôle qualité : l'anatomopathologie (AFAQAP), la génétique moléculaire (GFCO - Gustave Roussy) et la gestion de la qualité (Université Catholique de Louvain). Un laboratoire européen externe est impliqué dans la validation des échantillons envoyés (Nijmegen, UMC St Radboud).

Les actions d'évaluation concernent l'analyse des mutations sur les gènes KRAS/NRAS comme marqueur prédictif du cancer colorectal de stade métastatique, l'analyse des mutations sur les gènes EGFR/KRAS comme marqueur prédictif de l'adénocarcinome du poumon, l'analyse des mutations sur les gènes BRAF/NRAS comme marqueur prédictif du mélanome et l'analyse des gènes BRCA1/2 comme marqueur prédictif du cancer de l'ovaire. Le laboratoire reçoit 5 échantillons de tumeur de chaque programme auquel il participe.

Le laboratoire peut réaliser d'autres génotypes en fonction du tissu tumoral (PIK3CA, ERBB2, statut MSI, méthylation du promoteur MLH1) et évaluer les échantillons à l'aide du NGS. Pour valider la participation à un gène ou au statut de l'instabilité des microsatellites, le génotype doit être réalisé sur l'ensemble des 5 échantillons mis à disposition.

Remarque : le choix de lames blanches par rapport aux copeaux en paraffine vise à optimiser le contrôle qualité et ne remet pas en cause les méthodes d'examen propres aux structures.

Échantillons
Le participant reçoit 5 échantillons correspondant à des tumeurs différentes comportant ou pas une mutation du gène étudié. Chaque échantillon est constitué de 3 coupes de 5µm (3 lames blanches) de tissus inclus en paraffine.
- Une lame de chaque échantillon est destinée à une coloration HE pour déterminer la zone à analyser et y estimer la cellularité ;
- Les deux autres coupes servent à l'extraction d'ADN.

Analyse des échantillons
Le protocole d'extraction de l'ADN doit être celui utilisé en routine.

Principe de l'anonymat
L'anonymat des participants est préservé de manière stricte. Le comité d'organisation et les évaluateurs n'ont pas accès à ces informations confidentielles.

Répondre à l'EEQ : http://kras.eqascheme.org/info/public/gen_tiss.xhtml