Programme d'EEQ 2020

Le contrôle national de qualité « Gen&tiss » concerne l’évaluation externe de la qualité des examens de génétique moléculaire sur tissus tumoraux. Ce programme donne la possibilité aux participants d’étudier en parallèle sur les mêmes échantillons plusieurs marqueurs et favorise le génotype complet.

Le programme 2020 comporte pour l’analyse tissulaire trois modules – programme Analyse multiparamétrique sur tissus (NGS), programme Méthodes ciblées par gène, et programme Ovaire BRCA1/2 (les échantillons de ce programme seront envoyés en janvier).

  • Programme Analyse multiparamétrique sur tissus (NGS)

Il s’agit du programme principal qui rassemble les organes côlon, mélanome et poumon. Cette année, le participant a reçu 9 échantillons tissulaires (3 par organe) présentés sous forme de lames blanches ou de copeaux en tubes et 1 échantillon « éducatif » artificiel dans un tube.

Les participants sont invités à analyser tous les échantillons. Il y a un échantillon complémentaire artificiel à but « éducatif » qui est aussi utilisé pour évaluer la qualité des données NGS. Les résultats sur cet échantillon ne feront pas partie de la notation du génotype.

Pour les copeaux en tubes, l’extraction d’ADN peut être réalisée directement. L’échantillon « éducatif » doit être extrait directement à partir du tube. Le protocole d’extraction doit être celui utilisé en routine.

Pour les lames blanches, une coloration HE sur 1 des 3 lames par cas doit être réalisée avant toute extraction. Pour le retour sur la cellularité, il faut entourer au stylo sur la lame HE, la région où le pourcentage de cellules tumorales a été déterminé. Ecrire ce pourcentage sur la lame. Placer toutes les lames HE sur un scanner « papier » et réaliser une image globale sous format PDF. Télécharger ce document PDF sur le site lors de la saisie des résultats. Les deuxième et troisième coupes de chaque échantillon servent, après macrodissection, à l'extraction de l'ADN. Il est demandé un compte-rendu pour les cas avec les lames blanches.

Le participant analyse ensuite la présence de mutations ayant un impact médical en appliquant son protocole de routine. Il est possible d’utiliser toute technique y compris le séquençage de nouvelle génération (NGS). Un questionnaire et un recueil spécifique des données sont prévus pour le NGS.

 

  • Programme Méthodes ciblées par gène

Il s’agit du programme dédié à l’analyse ciblant un unique gène et étant réalisé uniquement sur des copeaux en tubes. Les participants doivent rendre les résultats sur les 5 échantillons fournis par gène. L’extraction d’ADN se fait directement sur les copeaux avec le protocole d’extraction de routine.

Il n’y a pas d’échantillon éducatif. Le score de génotypage est déterminé sur tous les résultats. Il n’y a pas d’analyse d’autres gènes.

Pour les participants qui sont inscrits exclusivement à ce programme, il sera demandé un compte-rendu pour le premier cas.

 

  • Programme Ovaire BRCA1/2

Il s’agit du programme dédié à l’analyse ciblant le cancer de l’ovaire. Il est demandé au participant d’analyser les gènes BRCA1 et BRCA2. Il est fourni un échantillon « éducatif » qui est aussi utilisé pour évaluer la qualité des données NGS. Les résultats sur cet échantillon ne feront pas partie de la notation du génotype.

Pour les copeaux en tubes, l’extraction d’ADN peut être réalisée directement. L’échantillon « éducatif » doit être extrait directement à partir du tube. Le protocole d’extraction doit être celui utilisé en routine.

Pour les lames blanches, une coloration HE sur 1 des 3 lames par cas doit être réalisée avant toute extraction. Pour le retour sur la cellularité (voir aussi paragraphe 9), il faut entourer au stylo sur la lame HE, la région où le pourcentage de cellules tumorales a été déterminé. Le pourcentage sur la lame doit être écrit sur la lame. Placer toutes les lames HE sur un scanner « papier » et réaliser une image globale sous format PDF. Télécharger ce document PDF sur le site lors de la saisie des résultats. Les deuxième et troisième coupes de chaque échantillon servent, après macrodissection, à l'extraction de l'ADN. Il est demandé un compte-rendu pour le premier cas avec les lames blanches.

 

En 2020, il n’y a pas de suivi du délai pour la soumission des résultats.

Les résultats doivent être retournés au plus tard le 12/02/2021 (8 semaines).

Les réponses se font directement le site Gen&tiss/EQA (http://www.genetiss.org/et http://kras.eqascheme.org/).

 

Principe de l'anonymat
L'anonymat des participants est préservé de manière stricte. Le comité d'organisation et les évaluateurs n'ont pas accès à ces informations confidentielles.

 



Répondre à l'EEQ : http://kras.eqascheme.org/info/public/gen_tiss.xhtml